Beure est entouré de vallons boisés. Le ruisseau des Mercureaux traverse la localité et termine sa course dans le Doubs. Le cirque rocheux qui la protège, la rivière le Doubs et le ruisseau dit des Mercureaux ont profité au regroupement des populations, d’abord autour des grottes, puis des gybsières et finalement dans la plaine.
Une voie romaine, dont une partie est visible sur quelques dizaines de mètres, a jadis traversé le village. Jules César serait ainsi passé par Beure à cheval.
Le plateau de Peu est situé sur les hauteurs du territoire de la commune. Il s’agit un petit plateau dégagé permettant un aperçu presque complet du village et on peut y observer une partie du quartier de Planoise (Besançon).
Des zones de protection de biotope ont été instaurées par arrêté préfectoral respectivement en date des 13/04/2007, 01/07/2009 et 19/08/2009 sur les départements de la Haute-Saône, du Jura et du Doubs pour protéger les milieux de vie de l’écrevisse à pattes blanches et du cortège d’espèces patrimoniales associées : truite commune, lamproie de planer, chabot, salamandre tachetée, crapaud sonneur à ventre jaune … La commune de Beure est concernée autour des mercureaux.
Préserver les ruisseaux et leurs pourtours nécessaires à la reproduction, à l’alimentation, au repos et à la survie des espèces concernées Faune : Écrevisse à pattes blanches, Truite commune, Lamproie de Planer, Salamandre tachetée, Crapaud sonneur à ventre jaune.
« Nos milieux naturels sont fragiles, à nous de les protéger »
Un biotope est un milieu caractérisé par des facteurs physiques, chimiques, climatiques constituant l’environnement d’un ensemble d’êtres vivants. Ce biotope, le plus souvent naturel, peut être parfois artificiel (combles, mines, …) dans la mesure où il constitue le lieu de vie d’une espèce.
(source : http://www.franche-comte.developpement-durable.gouv.fr)
